Brillant expert scientifique du service médico-légal de la police de Miami, Dexter Morgan est spécialisé dans l'analyse de prélèvements sanguins. Mais voilà, Dexter cache un terrible secret : il est également tueur en série. Un serial killer pas comme les autres, avec sa propre vision de la justice.
Épisode 1 : La Neuro-psychopathe :
Six mois ont passé depuis la mort du lieutenant LaGuerta, mais sa mémoire reste vive. Batista a du mal à faire son deuil. Deb a quitté la Miami Metro pour devenir détective privé et travaille sur des affaires dangereuses, s'enfonçant dans la drogue et l'alcool loin de Dexter. Une nouvelle affaire apparaît, où un tueur séquestre ses victimes avant de les abattre et de les opérer pour leur retirer un morceau de cerveau. Le lendemain, le Dr Evelyn Vogel, célèbre neuro-psychiatre spécialisée dans la psychopathologie et amie de longue date du chef Matthews, rejoint la Miami Metro pour travailler sur l'affaire.
Épisode 2 : Vous êtes parfait : Dexter découvre que le Dr Vogel a aidé Harry à mettre en place le code et faire de Dexter le tueur qu'il est. Elle espère aussi son aide afin de capturer le chirurgien du cerveau, qu'elle soupçonne d'être un de ses anciens patients. Debra prend des risques pour mener son affaire à bien mais son employeur craint qu'elle n'aille trop loin.
Épisode 3 : Ce qui ronge Dexter Morgan : Dexter continue de traquer le chirurgien du cerveau avec le Dr Vogel, maintenant que le tueur a disparu aux yeux de la Miami Metro. Mais Debra s'enfonce dans l'alcool et met en danger les secrets de son frère. Quinn tente de l'aider, au détriment de son couple avec Jamie.
Épisode 4 : Cicatrices : Debra commence une thérapie avec le Dr Vogel pendant que Dexter croit avoir identifié le tueur : un ancien patient opéré du cerveau qui enlève, torture et tue des inconnues. Batista veut soutenir Quinn pour le poste de sergent, mais Matthews lui suggère une meilleure candidate.
Épisode 5 : En famille : Après leur accident de voiture, Dexter et Debra suivent une thérapie familiale avec le Dr Vogel. Celle-ci se fait enlever par son harceleur. Dexter et Debra doivent mettre de côté leurs discordances pour aller ensemble à sa recherche. Pendant ce temps, Jamie prépare un dîner pour permettre à Cassie et Dexter de se rencontrer, ce qui contrecarre la recherche de Vogel. Quant à Quinn, il commence à enquêter sur une affaire qui pourrait compromettre sa promotion au poste de sergent, le meurtre de Norma Rivera. Les premiers suspects sont une famille assez proche de la Miami Metro, la famille Hamilton. L'équipe de la Miami Metro retrouve les squelettes des femmes tuées par AJ Yates dans son jardin, chaque tombe étant agrémentée d'un rosier.
Épisode 6 : Après mûres réflexions? : Dexter continue de chercher des preuves contre Zach Hamilton quand il découvre que celui-ci consulte le Dr Vogel, qui connaît les penchants du jeune homme. Batista est poussé par Matthews à nommer un sergent. Elway veut que Debra l'aide sur une affaire personnelle : il soupçonne le petit ami de sa s?ur de la tromper.
Épisode 7 : T'es où ? : Dexter est prêt à s'occuper de Zach mais il est trop préoccupé par le retour de Hannah McKay, qui a changé de vie et d'identité. Debra voit que Dexter est sur le point de lui succomber à nouveau et utilise les ressources d'Elway pour la mettre hors d'état de nuire.
Épisode 8 : Y sommes-nous ? :
Cassie, la voisine de Dexter, est assassinée et les preuves que Dexter trouve désignent Zach comme le coupable, mais celui-ci a disparu depuis. Dexter rencontre des difficultés pour se concentrer, car Hannah McKay, pour qui il a toujours des sentiments, se trouve dans Miami. De son côté, Debra compte capturer Hannah et suit donc le couple vers les Keys, où Zach se terre. En réalité, il a voulu faire sa première victime selon le code (un ancien camarade de lycée qui avait violé une camarade) mais a commis de nombreuses erreurs qui pourraient le trahir. Dexter remarque également que Zach pourrait avoir été piégé pour être accusé du meurtre de Cassie. Dexter décide donc de continuer d'enseigner le code à Zach. Plus tard, Zach est retrouvé mort dans l'appartement de Dexter.
Épisode 9 : Toute la musique que j'aime : Dexter retrouve des indices laissés par Zach le mettant sur la trace de son assassin, qui ne serait autre que le fils du Dr Vogel. Il doit cependant protéger Hannah, traquée par Elway et un US Marshall. Debra envisage de retourner à la Miami Metro.
Épisode 10 : Adieu Miami : Dexter a pris sa décision : il va quitter Miami avec Hannah et Harrison, mais d'abord, il tuera Saxon. Mais le Dr Vogel tente de se réconcilier avec son fils et pense qu'il peut encore être sauvé, en vain ; Dexter la persuade qu'il ne changera jamais. Ils établissent alors un plan pour tuer Saxon. Hannah est toujours traquée par Elway et le marshall, et doit donc attendre que Dexter achève les préparatifs pendant que Debra la garde chez elle. Harrison se blesse et Hannah l'emmène aux urgences, où elle se fait remarquer. Le Dr Vogel change le plan en invitant son fils chez elle, mais se fait égorger par lui devant Dexter, Saxon ayant deviné que sa vie était en danger.
Épisode 11 : De l'ombre à la lumière : Dexter n'est pas parvenu à sauver le Dr Vogel. Alors qu'Elway et le marshall se rapprochent d'Hannah et que leur départ pour l'Argentine est imminent, Dexter envisage de laisser Debra capturer Saxon, qui devient imprudent et propose un marché : chacun disparaît de son côté ou ils continuent de se pourchasser, au risque de voir toute la famille de Dexter mourir.
Épisode 12 : Un seul être vous manque : Saxon a échappé à Debra, qui est très gravement touchée. Dexter cherche un moyen pour fuir le pays sans les fédéraux aux trousses, en particulier Elway qui s'avère tenace. Après avoir envoyé Hannah et Harrison prendre le bus pour rejoindre l'Argentine, Dexter va s'occuper de Saxon, en le piégeant à l'aide de la Police de Miami, et l'achève au commissariat, en prétextant avec l'aide de Batista et Quinn la légitime défense. Enfin, en se rendant à l'hôpital et en voyant Deb condamnée à l'état végétatif à la suite de complications, Dexter coupe les machines et l'emmène avec son bateau au large de Miami, alors que l'ouragan Laura s'apprête à frapper. En analysant les derniers événements, Dexter réalise qu'avant de protéger son entourage de tout le monde, il doit les protéger de lui-même, lui qui n'a semé que destruction dans leurs vies. Il prend donc la décision de disparaître définitivement de Miami, et de disparaître aux yeux de ses proches afin que le Passager noir disparaisse également?
Debra vient tout juste de surprendre Dexter en train d'accomplir son petit rituel meurtrier sur Travis Marshall, « l'Ange de l'Apocalypse ». La jeune lieutenant de police ne peut s'empêcher de s'interroger sur l'acte auquel elle vient d'assister, mais décide tout de même d'aider l'expert scientifique à couvrir son crime. Leurs relations vont alors prendre une tournure des plus étranges, Debra étant complètement chamboulée par ce qu'elle a entrevu de son frère.
Pendant ce temps, la brigade criminelle de Miami s'intéresse de très près à un club de striptease dirigé par de dangereux mafieux ukrainiens dont Isaak Shirko, tueur froid et implacable venu de Kiev pour faire à tout prix la lumière sur la subite disparition d'un des siens, victime du bras vengeur de Dexter.
Épisode 1 : Es-tu un? ? : Dexter assure à Debra qu'il a tué Travis Marshall en état de légitime défense, et qu'il n'a pas agi avec préméditation. La jeune femme se laisse convaincre dans un premier temps et ensemble, ils modifient la scène de crime pour laisser croire à un suicide. Le lendemain de la découverte du corps par les forces de l'ordre, LaGuerta découvre à l'insu de tous la plaquette du sang de « l'Ange de l'Apocalypse » que Dexter a égarée. De son côté, Mike Anderson découvre le cadavre d'une jeune femme dans un coffre de voiture, et se fait tirer dessus par le conducteur de celle-ci, Viktor Baskov, un mafieux ukrainien. Dexter parvient à identifier l'assassin grâce à ses empreintes, et décide de le faire passer sur sa table. Il le retrouve juste à temps, alors que celui-ci allait prendre l'avion pour retourner dans son pays natal. Debra est totalement bouleversée par le meurtre de Travis Marshall. Le mode opératoire de Dexter lui rappelle celui du tueur de glace. Perturbée, suspicieuse, elle fouille l'appartement de son frère et découvre tout son arsenal. Et ce au moment où Dexter rentre chez lui. Il lui avoue alors être un tueur en série, le « Boucher de Bay Harbor ».
Épisode 2 : Le code a changé : Debra décide de guérir Dexter de son « addiction » en le surveillant 24 heures sur 24, de ce fait il emménage chez elle. Dexter découvre que c'est Louis qui lui a envoyé la main du tueur du camion de glace. Après avoir voulu le faire fuir, sans succès, il décide de le tuer mais se ravise au dernier moment. LaGuerta fait analyser la plaquette de sang, il s'agit bien du sang de Travis. Elle fait le lien avec ces mêmes plaquettes qui avaient révélé que le sergent Doakes était le « Boucher de Bay Harbor » or, elle a toujours cru en son innocence. Pendant ce temps, Isaac vient en personne aux États-Unis chercher où se trouve Victor et tue un témoin qui avait une relation avec Kaja.
Épisode 3 : À tombeau ouvert : Dexter envoie la main du tueur de glace à Mazuka par la poste. Ce dernier renvoie Louis le croyant coupable du vol. Isaac demande à Nadia, une stripteaseuse du club de se rapprocher de l'inspecteur Quinn. Il recherche un bracelet que portait Kaja. Grâce à une puce GPS, il découvre que le bracelet est au fond de l'océan. Louis qui veut se venger de Dexter en coulant son bateau croise la route d'Isaac qui le tue. Dexter se lance sur les traces d'un tueur, Speltzer. Il convainc Debra de le surveiller car il est certain que celui-ci va tuer de nouveau. Alors qu'elle pénètre chez le tueur, celui-ci la désarme. Dexter assomme Speltzer qui parvient à s'enfuir en laissant le corps d'une autre victime. Debra se range finalement aux côtés de Dexter car si elle l'avait laissé le tuer, il n'aurait pas assassiné la jeune fille.
Épisode 4 : La Fin du minotaure : La Miami Metro est « sur les dents » : Ray Speltzer a été appréhendé et Debra a obtenu des aveux mais un vice de procédure le fait libérer. L'heure est donc aux interrogations pour Debra, qui s'interroge sur ce qu'elle doit faire avec Dexter : le laisser tuer Speltzer et vivre sa vie ou essayer de protéger ce qui lui reste, Harrison. Pendant ce temps, Isaac fait le lien entre Dexter, Louis et la Miami Metro, afin de se débarrasser des descentes de police, il force l'un de ses employés à se suicider pour en faire le coupable du meurtre de Mike. Batista n'y croit pas. Finalement, Dexter parvient à coincer Speltzer et à le tuer, une fois Harrison à l'abri. Il détruit également les plaquettes de sang de ses anciennes victimes, afin de tourner la page. Quand Debra apprend la mort de Speltzer, elle est soulagée et apaisée.
Épisode 5 : En eaux profondes : Dexter découvre que Louis Greene a été abattu sur son bateau, et fait vite le lien avec le fait qu'Isaac le traque ; quand ils se rencontrent, Dexter comprend qu'Isaac croit que la Miami Metro a mené une vendetta contre Viktor. Debra apprend que LaGuerta a rouvert le dossier du « Boucher de Bay Harbor » depuis l'affaire de Travis Marshall. Le frère et la s?ur se préviennent donc l'un l'autre et Dexter choisit de se protéger avec Debra le temps qu'il trouve un moyen de se débarrasser d'Isaac sans le tuer lui-même. En attendant, il retrouve Hannah McKay qui aide Batista à retrouver les victimes de Wayne Randall ; la police retrouve ainsi deux corps, que Hannah désigne comme deux victimes de Wayne mais Dexter comprend vite qu'elle a tué l'une des deux victimes, seulement, elle possède une immunité pour ce meurtre.
Le plan de Dexter est simple : entrainer Isaac dans un traquenard où il sera tué par un gang colombien. Mais quand il est appelé sur la scène de crime, il comprend vite qu'Isaac est un tueur entrainé qui s'est débarrassé de trois hommes armés seul. Il y a suffisamment de preuves toutefois pour l'arrêter et le mettre en prison. Avant d'être arrêté, Isaac demande à ses hommes de se faire un contact dans la Miami Metro : Quinn, qui fréquente toujours une des strip-teaseuses du club. Une fois en prison, Dexter affronte Isaac qui le prévient que ce n'est qu'une question de temps avant qu'il n'ait sa vengeance.
Plus tard, Debra se confie à Dexter : elle a dû mentir à LaGuerta et Batista pour couvrir les arrières de son frère. Il l'en remercie, mais elle refuse de continuer.
Épisode 6 : Je t'aime moi non plus : Dexter est persuadé que Hannah McKay est une tueuse en série, en activité depuis son escapade de jeunesse. Il va donc falsifier les preuves sur les derniers corps de l'affaire Wayne Randall pour la laisser en liberté afin de se donner le temps de prouver qu'elle a fait d'autres victimes. Il ne tarde pas à retrouver trois autres victimes : son mari, l'ancienne propriétaire de sa serre, et grâce à Sal Price, un écrivain spécialiste de l'affaire Randall, le directeur de la maison de détention où elle a vécu après sa fugue, tous morts d'une crise cardiaque, apparemment à cause d'un empoisonnement à l'aconit.
Isaak est inquiet de voir sa détention se prolonger et demande à son homme de main de soudoyer Quinn pour qu'il falsifie les preuves l'accusant. Quinn refuse l'argent proposé, mais quand la vie de Nadia est menacée, il ne peut qu'obéir.
LaGuerta continue d'enquêter sur le retour du Boucher de Bay Harbour et fait le lien avec l'affaire Jordan Chase. Debra, dans la confidence, comprend alors que Chase fut la victime de Dexter et qu'il était avec Lumen, mais quand celui-ci essaie de s'expliquer, elle le chasse.
Finalement, Dexter a établi la culpabilité de Hannah, de même que Sal Price qui en fait part à Debra. Celle-ci comprend que Dexter a fait de la rétention de preuves, mais il est trop tard : il est sur le point de la tuer. Cependant, au dernier moment, Dexter se ravise, libère Hannah et échange avec elle un baiser passionné.
Épisode 7 : Alchimie : Après leur nuit d'étreinte, Dexter et Hannah McKay décident d'en rester là. Mais Sal Price les a surpris et comprend vite qu'ils ont une liaison. Toutefois, il accepte de garder le silence en échange d'une interview de la fleuriste pour son prochain livre. Plus tard dans la journée, Debra rend visite à son frère et le confronte à ses mensonges quant aux preuves accusant McKay, mais il nie. Une autre surprise attend la Miami Metro : les preuves ayant disparu et toute nouvelle analyse étant impossible, Isaak Sirko va être libéré sous peu. Batista soupçonne Quinn d'être la taupe à l'origine de cela, ce que Quinn réfute. Lorsque ce dernier veut rompre le partenariat qui le lie aux Koshkas au sujet de Nadia, ils refusent.
Dexter se retrouve dans une situation délicate : Sal Price enquête sur lui, il réalise à quel point il est attiré par Hannah, et pour couronner le tout, Isaak est de retour dans sa vie. Décidé à se débarrasser de l'écrivain, il s'introduit chez lui, détruit ses notes, et prélève des traces ADN qu'il utilisera comme preuve sur un homicide non-résolu dont il a tiré un roman. Après l'interview promise d'Hannah qui lui confesse un meurtre lors de sa cavale avec Wayne Randall, Price se rend chez l'expert scientifique pour avoir une explication avec lui et s'écroule soudainement, victime d'une attaque cardiaque. Pour Dexter et Debra c'est clair : Hannah en est à l'origine, mais ni les analyses ni son témoignage ne parviennent à l'inculper. Dexter va voir l'empoisonneuse qui lui avoue ses méfaits : Price qui refusait d'abandonner ses charges et son mari, qui, des années auparavant, menaçait de la quitter si elle n'avortait pas. Hannah et Dexter réalisent alors à quel point ils se sont trouvés et tombent dans les bras l'un de l'autre.
De son côté, LaGuerta n'abandonne pas l'enquête sur le Boucher de Bay Harbor, en dépit de la tentative de dissuasion de Debra. En relisant les pièces du dossier, un nom lui revient souvent : Dexter Morgan.
Au même moment, Debra, qui commençait à avoir des sentiments pour Price, écoute l'enregistrement de son ultime interview. Elle comprend, devant son impuissance à prouver la culpabilité d'Hannah McKay, que Dexter est le seul moyen d'obtenir justice. Elle appelle donc son frère et lui demande de tuer Hannah.
Épisode 8 : Le c?ur a ses raisons : Dexter commence à avoir des sentiments de plus en plus pressants pour Hannah McKay, tandis qu'Isaak Sirko est toujours à ses trousses. Alors que ce dernier manque de le tuer de peu, l'analyste sanguin apprend que les enfants de Rita, Astor et Cody, sont en route pour Miami avec leur petit frère Harrison. Pour éviter que quelque chose ne leur arrive en cette période de trouble, il décide qu'ils iront vivre chez leur tante. Lorsque Debra en profite pour aborder le cas d'Hannah, Dexter refuse de la tuer. Alors qu'il se rend dans l'appartement de Sirko pour y collecter des informations, il est surpris par un homme également venu assassiner le mafieux ukrainien. Dexter s'en débarrasse et comprend alors que la confrérie Koshka a décidé de supprimer Isaak, celui-ci faisant trop de vagues pour satisfaire sa vengeance personnelle.
Dexter essaie de passer du temps avec les siens, faire avec les problèmes d'adolescent de ses beaux-enfants, notamment dans le tout nouveau restaurant du sergent Batista, mais Hannah ne tarde pas à découvrir l'existence de cette petite famille dont il n'a pas voulu lui parler. Car l'homme est habité par un cruel dilemme. Plus tard, Debra comprend que son frère a une liaison avec celle qu'elle soupçonne d'être une empoisonneuse. Ils se disputent alors à son sujet, et elle lui avoue, sous le coup de la colère, qu'elle est en réalité amoureuse de lui. Elle se morfond aussitôt d'avoir lâché cette vérité, perdue car ne sachant même plus aujourd'hui si elle l'apprécie encore un peu. Dexter est lui complètement abasourdi par l'incroyable nouvelle qu'il vient d'apprendre.
Afin de se sentir mieux, il se plonge dans son « hobby » favori, se mettant en chasse d'Isaak, devenu un paria au sein même de son clan. Il le retrouve bientôt dans un bar gay du centre-ville. Là, le tueur aux cheveux argentés confesse à l'expert scientifique que Viktor Baskov était en fait son amant et en était éperdument amoureux, d'où son insatiable soif de vendetta. Il lui annonce aussi que celle-ci ne s'arrêtera que lorsqu'elle sera satisfaite et ce quoiqu'il en coûte.
De leurs côtés, Quinn, piégé par les Koshkas au sujet de la disparition des preuves, est contraint d'accepter de faire un « travail » pour eux. En parallèle, LaGuerta continue son investigation secrète sur l'identité réelle du Boucher de Bay Harbor, se rapprochant toujours un peu plus de la piste de Dexter.
Épisode 9 : Repose en mer : Dexter s'interroge sur sa relation avec Debra et Hannah, mais il n'a pas le temps de s'attarder : Sirko a un marché à lui proposer, sa disparition contre la mort de deux tueurs envoyés par le cartel ukrainien pour l'abattre. L'analyste sanguin refuse, jusqu'à ce que Hannah soit enlevée par Jurg. Dexter n'a plus le choix : il demande à Debra de le laisser tuer les deux assassins à temps ; elle accepte à contrec?ur lorsqu'il réussit à trouver les mots justes pour la rassurer.
Grâce aux informations fournies par Isaak, Dexter parvient à retrouver rapidement le premier tueur : un sniper qu'il poignarde sur un champ de tir alors qu'il essayait son arme. Cependant, il est retardé dans sa traque du second par son travail : un corps retrouvé brûlé que le spécialiste classe comme suicide mais Dexter suspecte quelque chose. Un autre corps est retrouvé et Dexter détermine qu'il s'agit d'un tueur pyromane qui observe ses victimes brûler. En parallèle, LaGuerta contacte l'ex-commissaire Matthews, à la retraite forcée depuis son histoire de m?urs, à qui elle souhaite exposer sa théorie sur le retour du Boucher de Bay Harbour. D'abord réticent, il accepte à condition de pouvoir revenir dans la police et obtenir une pension de retraite complète.
Grâce à une conversation en visiophone avec Hannah, Dexter parvient à savoir qu'elle est détenue dans la maison d'une des victimes colombiennes de Sirko. Debra accepte de chercher l'endroit pendant qu'il s'occupe du second tueur. Avec l'aide du mafieux ukrainien, il tend un piège à l'assassin sur un navire appartenant aux Koshkas, où Sirko l'abat. Alors que Dexter nettoie la scène de crime, Isaak est abattu par George, que Quinn, suite à une altercation au sujet de Nadia, venait de passer à tabac. Dexter accède à la dernière volonté de son ancien ennemi : reposer dans l'océan auprès de Viktor.
Pendant ce temps, Debra retrouve Hannah et la sauve : elle avait tenté de s'échapper mais Jurg l'a poignardée au ventre avant qu'elle ne réussisse à le tuer. Elle s'en sort finalement avec une blessure peu grave. Quand il la retrouve à l?hôpital, Dexter lui avoue finalement les sentiments puissants qu'il a à son égard.
Épisode 10 : Le Cavalier noir : L'incendiaire, que la presse a surnommé le « Fantôme », fait de plus en plus de victimes. Dexter est persuadé qu'il s'agit de Bosso et l'envie de tuer le reprend, mais il a promis à Debra de ne pas le faire. Il décide cependant de s'assurer que Bosso est bien l'incendiaire, mais Bosso a un alibi et n'est qu'un expert un peu étrange comme lui.
La vie personnelle de Dexter est bouleversée par le retour de Clint McKay, le père de Hannah, qui sort de prison et souhaite mettre les choses à plat avec sa fille. Hannah, tourmentée par les souvenirs de son enfance avec son père, ne sait que penser et Dexter a des doutes sur les intentions de Clint. Il s'avère rapidement que Clint veut de l'argent pour payer ses dettes de jeu et qu'il en sait suffisamment sur les meurtres de Hannah pour la faire chanter : en effet, il était la principale source de Sal Price et connait une femme qui pourrait témoigner contre Hannah. Elle n'a plus le choix, mais Dexter évoque la possibilité de le tuer ; elle refuse.
Le sujet s'y prêtant, Hannah et Dexter parlent du « Passager Noir » de Dexter. Hannah ne croit pas en l'existence du « Passager » mais comprend que Dexter a besoin d'expliquer ce besoin.
Plus tard, Dexter démasque le « Fantôme » : Joe Jansen, un homme accusé à tort dans son adolescence d'avoir provoqué un incendie alors que c'était son ami, mort brûlé, qui était responsable. Devant le dossier de Jansen, Dexter réalise qu'il lui ressemble, à blâmer une autre personne pour ses crimes.
De son côté, Quinn s'implique une dernière fois pour sauver Nadia : George comptant l'envoyer à Dubaï, Quinn le menace avant de le tuer et de maquiller le crime en légitime défense. Batista accepte de couvrir son collègue et de cacher l'implication de Nadia, qui est partie avec son passeport et de l'argent. Pendant ce temps, Dexter piège Jensen, mais hésite avant de le libérer et de le livrer à Debra. Il part alors tuer Clint McKay, qu'il veut simplement tuer même s'il ne correspond pas au code.
Debra est rassurée de voir que Dexter n'a pas tué le « Fantôme » mais ne compte pas le laisser en paix pour autant. Clint McKay a déjà donné le nom du témoin de façon anonyme.
D'un autre côté, LaGuerta et Matthews soupçonnent de plus en plus Dexter d'être le « Boucher de Bay Harbor », sans pouvoir le prouver formellement.
Plus tard, Hannah confesse son amour à Dexter qui en fait de même.
Épisode 11 : Lendemain de fête : Pour la première fois de sa vie, Dexter entrevoit la possibilité d'un futur heureux aux côtés de sa nouvelle compagne. De plus, le destin lui fait un cadeau de Noël avec la remise en liberté du dernier des assassins de sa mère encore en vie, Hector Estrada. En le tuant, il voit là l'occasion de tourner une page de son passé pour se concentrer sur un meilleur avenir.
Toutefois, Tom Matthews lui apprend que LaGuerta le soupçonne d'être le « Boucher de Bay Harbor ». Si l'ancien capitaine de police le croit innocent, Dexter sait que sa supérieure ne lâchera pas. Il décide donc de fabriquer, avec l'aide de sa s?ur, des preuves incriminant définitivement James Doakes, sur lesquelles Matthews et LaGuerta ne tardent pas à tomber. Celle-ci reste néanmoins dubitative.
Hannah rend visite à Debra afin de lui proposer d'enterrer la hache de guerre, mais cette dernière refuse, lui promettant de l'envoyer en prison dès que son ancienne complice, Arlene Shram, aura avoué un meurtre commis quand elles étaient adolescentes. Lorsqu'elle se rend chez Arlene pour l'interroger, Debra est victime d'un accident de la route. Elle s'en sort avec quelques blessures légères et soupçonne aussitôt l'amie de son frère de l'avoir droguée pour qu'elle s'endorme au volant. Dexter ne croit pas une seconde à cette version et en parle avec Hannah le soir du réveillon de Noël. Choquée qu'il doute d'elle, la fleuriste spécialiste du poison lui demande de partir pour ne revenir que lorsqu'il sera sûr de ses sentiments.
Dexter s'en va aussitôt s'occuper du cas d'Estrada à qui il a donné rendez-vous près d'un container sur les quais. Cependant, LaGuerta, qui a en fait manigancé la sortie de prison du truand pour qu'il le conduise au « Boucher de Bay Harbor », a suivi Estrada. Piégé, Dexter n'a pas le temps de passer à l'acte et doit s'enfuir en catastrophe pour ne pas être pris, perdant du même coup la trace de sa cible.
Le lendemain, il reçoit le résultat des analyses de la bouteille dans laquelle a bu sa s?ur juste avant son accident : elle a bien été droguée. Dépitée par cette terrible nouvelle, Dexter décide alors de remettre à Debra la preuve de la culpabilité d'Hannah dans l'affaire Sal Price. Ensemble, ils se rendent au domicile de la jolie blonde pour la mettre en état d'arrestation.
Épisode 12 : Le Début de la fin : Dexter rend visite à Hannah en prison où celle-ci lui explique son geste par le fait qu'elle ne voulait laisser personne les séparer. Elle affirme également qu'elle ne dénoncera jamais le petit secret de celui qu'elle aime toujours malgré tout. De retour chez lui, l'analyste sanguin est alors mis en état d'arrestation par LaGuerta pour la tentative de meurtre sur Hector Estrada. Au cours de l'interrogatoire, il nie fermement être le Boucher de Bay Harbor et la capitaine de police se rend bientôt compte qu'il a entre-temps manipulé certains éléments pour la piéger et être rapidement blanchi. Immédiatement remis en liberté, Dexter se lance à la poursuite d'Estrada qui court toujours et pourrait le faire tomber si jamais il entre en contact avec qui que ce soit. En suivant son ex-épouse, il finit par retrouver sa trace et l'enlever.
Lors de son transfert vers le tribunal pour l'audience préliminaire de son procès, Hannah, grâce à l'aide de son amie Arlene Shram, fait une crise et doit être transportée d'urgence à l?hôpital. Là-bas, elle réussit à prendre la fuite.
LaGuerta, menacée par une enquête interne pour son comportement récent, ne lâche cependant pas son investigation secrète pour laver l'honneur de Doakes. Elle convoque Debra dans son bureau et lui montre les images de vidéo surveillance d'une station-service proche de l'église où Travis Marshall, « l'Ange de l'Apocalypse », a été retrouvé mort. Sur ces images, Debra est clairement visible en train de remplir un jerrican d'essence. Celle-ci parvient à s'en sortir au prix d'un gros mensonge et, complètement troublée, s'en va rejoindre son frère pour qu'il essaie de trouver une solution à ce désastre. Dexter, ne sachant réellement que faire, part alors fouiller la maison de LaGuerta et se rend vite compte qu'elle est juste sur leurs talons se rapprochant toujours un peu plus de preuves accablantes. Pour éviter que lui et sa s?ur ne soient soupçonnés, l'expert scientifique décide alors de se débarrasser définitivement de sa supérieure hiérarchique. De retour dans un container sur les docks, il tue Estrada en lui ayant laissé le soin au préalable de prévenir LaGuerta sur sa position. Lorsque celle-ci arrive sur les lieux, Dexter la surprend, l'endort et commence à maquiller les lieux pour faire croire que ses deux victimes se sont entretuées. C'est alors que Debra débarque inopinément et empêche son frère de passer à l'acte en le mettant en joue avec son arme. Entretemps, LaGuerta revient à elle et encourage vivement la jeune femme à abattre Dexter. Après une longue hésitation, Debra, en larmes, tire finalement sur LaGuerta .
Episode 1 - Ces choses-là
Un an a passé depuis la rupture entre Dexter et Lumen. Celui-ci est parvenu à trouver un équilibre entre son activité de serial killer et son rôle de père. Mais Harrison grandit et doit rentrer à l'école, ce qui force Dexter à s'interroger sur les valeurs qu'il veut inculquer à son fils, notamment d'un point de vue religieux. Debra et Quinn sont toujours ensemble, mais Batista et LaGuerta ont divorcé. Pendant ce temps, un homme et son apprenti font leur première victime, selon les lignes de la Bible.
Episode 2 - Il était une fois
L'enquête sur l'épicier avec les serpents dans le ventre ramène le frère Sam, un homme accusé de meurtre, dans le giron de Dexter. Ce dernier s'interroge sur la façon dont l'image de père qu'il doit avoir pour son fils. L'acte d'héroïsme de Debra a des conséquences sur sa vie personnelle et professionnelle : le même jour, elle est demandée en mariage et promue lieutenant au détriment de Battista. Pendant ce temps, les deux tueurs religieux préparent leur nouveau crime.
Episode 3 - Cours après moi Shérif
Dexter replonge dans son passé alors que le corps d'une prostituée est découvert et qu'une de ses dents a été arrachée, ceci étant la signature d'un tueur en série qui fascinait Dexter adolescent. Celui-ci ressort alors ses albums souvenirs et se met en chasse du tueur. De son côté, Debra rencontre des difficultés dans son nouveau travail de lieutenant, notamment face à LaGuerta qui semble vouloir imposer ses décisions, compromettant l'autorité de Debra. D'autant plus qu'elle doit encore gérer sa rupture avec Quinn. Pendant ce temps, Travis et Gellar ont capturé un jogger et le retiennent prisonnier en le poussant à se repentir. Après avoir tenté de s'échapper, l'homme implore la pitié de ses ravisseurs.
Episode 4 - Les Chevaux de l'Apocalypse
Un cadavre, découpé en morceaux puis rattaché à des mannequins eux mêmes placés sur quatre chevaux représentant les cavaliers de l'apocalypse est découvert. Dexter ne pense pas à un tueur confirmé mais grâce à la théorie du nouveau détective de la Miami Metro, il comprend que les deux tueurs veulent annoncer la fin du monde. Cependant, Dexter a une nouvelle priorité : son fils tombe malade ; il trouve un soutien avec frère Sam. Puis à la troisième victime, qui meurt sous les yeux de Dexter et Debra, il n'y a plus de doute : il y a un nouveau tueur en série.
Episode 5 - L'Ange des Ténèbres
L'enquête avance et la Miami Metro a un nouveau suspect sur les meurtres représentant la fin du monde, le professeur Gellar. Son complice, Travis, est la nouvelle cible de Dexter. Il finit par pénétrer dans son appartement et y découvre la bible avec les numéros retrouvés dans le corps des victimes, prouvant son implication. Enfin une quatrième personne, une prostituée, recherchée par les Doomsday Killers, est susceptible de représenter une scène du Livre des Révélations, et une ancienne élève de Gellar pourrait être un témoin intéressant. De son côté Deb ne supporte plus de vivre chez son frère, elle décide de trouver un appartement.
Episode 6 - Lâcher prise
Frère Sam a été abattu, Dexter se lance dans la traque du tireur. Debra réalise que son nouveau poste l'éloigne de ses anciens coéquipiers et, délaissée, trouve du soutien auprès d'une psychologue. Batista essaie de couvrir Quinn qui part en vrille et dont les coucheries empiètent sur l'enquête des meurtres du Doomsday Killer : sa nuit avec une professeur qui devient un témoin-clé dans l'affaire compromet le témoignage.
Episode 7 - Virée entre frères
Brian Moser est de retour (en fantôme) aux côtés de Dexter. Celui-ci apprend que tous les membres de la famille d'Arthur Michell, excepté son fils Jonah, ont été tués comme le faisait Trinité, ce qui laisse penser qu'il est de retour. Dexter et son frère se rendent sur place et interrogent Jonah qui semble être le véritable meurtrier. Pendant ce temps, Debra a de plus en plus besoin de son frère au commissariat car elle interroge une victime encore en vie du Tueur de l'apocalypse. De leurs côtés, le Tueur voit son apprenti se rebeller et chercher à abandonner la cause de son mentor. Celui-ci commence alors un harcèlement moral en lui rappelant les raisons de leur rituel
Episode 8 - La Putain de Babylone
Debra est très en colère contre Dexter parce qu'il est parti beaucoup plus longtemps qu'elle lui a accordé. Mais après avoir écouté les explications de son frère, elle décide finalement de lui pardonner. Elle est en réalité heureuse que Dexter revienne lui apporter son aide, d'autant plus que le capitaine LaGuerta lui met la pression pour classer une affaire apparemment banale concernant la mort d'une prostituée dans sa salle de bain. Pendant ce temps, Travis Marshall tente de reprendre une vie normale avec sa sur, mais c'est sans compter sur le harcèlement toujours plus pressant de Gellar. De l'autre coté, Dexter retrouve Travis à son travail et tente de le convaincre de lui révéler où Gellar se cache. Mais Travis est réticent et a peur pour la vie de sa sur. Gellar décide de passer à l'action pour poursuivre son uvre apocalyptique. Il tue la soeur de Travis et enlève celui-ci qu'il fait prisonnier. Dexter réussit à le délivrer mais Gellar s'enfuit. Dexter et Travis sont désormais alliés pour éliminer Gellar.
Episode 9 - Les Coupes de la colère
Debra continue ses séances chez la psychologue, elle tente de lutter contre les pressions de ses supérieurs qui veulent à tout prix laisser le dossier de la prostituée clos, et contre le sentiment de solitude qui l'habite. Louis Greene finit par obtenir les faveurs de Jamie Batista, mais on apprend lors de leur premiers ébats amoureux que Louis détient la main du Tueur au Camion frigorifique. De leurs côtés, Dexter et Travis continuent leur chasse contre Gellar. Dexter décide de piéger Gellar lorsque ce dernier tente de kidnapper puis de tuer le professeur Casey, un théologien prônant l'athéisme. Le piège échoue et on retrouve le professeur mort. Par la suite, Dexter demande à Travis de reprendre contact avec Gellar afin de le piéger de nouveau. Pendant ce temps, Dexter entretient une conversation avec son père sur les raisons qui le poussent à aider Travis. Il retourne dans l'église afin de neutraliser Gellar. Il retrouve Travis sur le sol inconscient. Près de lui sous l'autel une dalle laisse échapper un son, sous celle-ci se trouve une cave dans laquelle Dexter retrouve Gellar dans un congélateur, visiblement mort depuis un certain temps...
Episode 10 - Le Châtiment
Dexter découvre la vérité sur Travis : c'est un homme perturbé psychologiquement qui est persuadé de parler avec le Pr Gellar alors qu'il est mort, faisant de lui le seul Doomsday Killer. Dexter se sent trahi et est bien décidé à le retrouver pour le tuer, mais la Miami Metro se rapproche de Travis. Dexter brouille les pistes en falsifiant les indices pour faire croire que Gellar est encore en vie. De son côté, Debra doit gérer la pression que lui met LaGuerta jusqu'à ce qu'elle apprenne la vérité sur l'affaire de la prostituée morte : LaGuerta couvre en fait le commandant Matthews. Travis est en fuite pour mener à terme son projet. Il recrute un couple de fanatiques du blog de Gellar pour tuer la femme qu'il avait enlevée avant de la relâcher, suite à sa rencontre avec Dexter. Celui-ci comprend vite qu'elle est à nouveau la cible, mais ne parvient pas à la retrouver à temps, et tue le mari en croyant abattre Travis. Cependant, il découvre quelle est l'étape suivante dans le plan de Travis : Wormwood, la libération d'un gaz empoisonné. Batista est furieux de voir son coéquipier Quinn devenir de plus en plus fêtard et moins assidu au travail. Quand il a des informations sur le couple de fanatiques, il décide d'y aller seul, mais il se fait alors capturer par Travis qui décide de relâcher Wormwood dans les bureaux de la Miami Metro
Episode 11 - Le Lac de l'Enfer
Le corps de Doomsday Adam est retrouvé avec les traces de fabrication du gaz Wormwood, mais les agents n'ont aucune idée du lieu qui sera attaqué. De retour au bureau, Dexter reconnait la femme du fidèle alors sur le point de relâcher le gaz et parvient à le contenir, sauvant ainsi tous les policiers mais non sans être légèrement touché par le poison. Quand Quinn apprend la disparition de Batista, il parvient à le sauver de justesse de Travis mais laisse fuir le tueur. Dès lors, l'affaire est confiée aux fédéraux. Debra a le temps de se préparer à confronter le chef Matthews, qui parvient à la convaincre de classer l'affaire. Quant à Dexter, il décide de tendre un piège à Travis en montant une scène de toutes pièces avec la main du professeur Gellar, puis en envoyant un message vidéo au tueur. Debra apprend le lendemain que Matthews a été forcé de démissionner, son implication dans la mort de la call-girl ayant été révélée. Il accuse Debra mais celle-ci sait que c'est LaGuerta qui a dénoncé son supérieur, pour achever sa vengeance et pouvoir contrôler Debra. Celle-ci est désespérée et confie ses doutes à sa psychologue, qui lui fait réaliser qu'elle a des sentiments plus profonds pour Dexter. Le piège tendu à Travis fonctionne, mais malade à cause du gaz, Dexter est trop faible pour capturer le tueur qui l'utilise pour son dernier tableau, le Lac de Feu. Dexter parvient à se sauver in extremis.
Episode 12 - La Fin d'un Monde
Dexter est sauvé de la noyade par un bateau transportant des immigrés clandestins. Il tue le capitaine qui menaçait les passagers, puis regagne la côte et rentre chez lui, où Debra le retrouve et lui dit qu'elle l'aime. Dexter ne comprend pas le sens exact de cette phrase et lui répond qu'il l'aime également, ce qui chamboule sa sur car c'est la première fois qu'il le lui dit. Le jour même, une éclipse totale de soleil va avoir lieu, et que c'est là, pour Travis, le jour de la fin du monde. L'appartement où il se cachait, et dont il avait tué les occupants, est découvert par la police. Dexter y entre le premier et voit une grande fresque peinte par le tueur, qui le représente sous les traits de la Bête au milieu du lac de feu. Il a juste le temps d'effacer le visage à coup de marteau avant que ses collègues n'arrivent, pour qu'ils ne le reconnaissent pas. Travis, voyant sa cache découverte, décide de se rendre chez Dexter qu'il croit mort, et dont il a trouvé l'adresse dans le portefeuille qu'il lui avait pris avant de le laisser dans l'eau. Là il découvre que celui qu'il croit être la Bête a un fils, Harrisson. Grâce aux dessins de Gellar, la police devine que Travis va commettre le sacrifice d'un innocent au sommet d'une tour pendant l'éclipse. Debra envoie des hommes sur tous les gratte-ciel de la ville, mais concentre le plus de forces sur le plus haut d'entre eux, qui n'est pas le bon. Dexter, à l'aide d'un autre dessin réalisé par Travis et qu'il avait caché à ses collègues, trouve la bonne tour. Peu après, son fils disparait et Dexter comprend que Travis l'a enlevé pour le sacrifier. Il se rend sur la tour et trouve Travis, après qu'il a tué le policier chargé de la surveillance, sur le point de sacrifier Harrisson. Après un moment de forte tension, il parvient à sauver ce dernier et s'empare enfin de Travis. L'éclipse terminée, Debra pense que Travis lui a définitivement échappé. Perdue entre cette déception professionnelle et ses sentiments troubles pour Dexter, elle va voir sa psychologue qui lui conseille de mettre les choses au clair avec son frère. Elle se rend alors dans l'église abandonnée, où elle a chargé Dexter d'effectuer une ultime analyse des lieux avant de clore l'affaire. Mais Dexter avait profité de l'occasion pour installer sa scène rituelle sur l'autel, afin de tuer Travis. Après quelques échanges acerbes entre les deux tueurs au sujet de la foi et de la religion, Dexter enfonce une grande lame dans le cur de Travis. À cet instant précis, Debra entre dans l'église et le surprend...